Persatuan bangsa yang majemuk seperti Indonesia memerlukan fondasi sosial yang kuat sejak usia muda, dan pesantren memberikan kontribusi besar dalam Membina Toleransi dan Persaudaraan melalui sistem asrama yang menyatukan santri dari berbagai penjuru daerah. Di dalam asrama, santri yang berasal dari Jawa, Sumatera, Sulawesi, hingga Papua dipersatukan dalam satu atap untuk hidup berdampingan secara damai tanpa memandang perbedaan suku atau status ekonomi orang tua mereka. Melalui upaya Membina Toleransi dan Persaudaraan, pesantren mengajarkan santri untuk melihat keragaman sebagai anugerah Tuhan yang harus disyukuri dan dirawat dengan penuh rasa hormat antar sesama umat Islam. Interaksi harian yang penuh dengan kebersamaan menciptakan ikatan emosional yang sangat kuat, di mana santri belajar untuk saling memahami dialek, tradisi lokal, dan kebiasaan daerah masing-masing, yang pada akhirnya memperkaya wawasan kebangsaan mereka secara alami di tengah rutinitas belajar agama yang padat.
Nilai-nilai inklusivitas dipraktekkan secara nyata melalui kegiatan makan bersama dalam satu nampan atau kerja bakti membersihkan lingkungan asrama tanpa ada pembagian tugas berdasarkan asal daerah tertentu. Dalam kerangka Membina Toleransi dan Persaudaraan, setiap santri diberikan hak dan kewajiban yang sama di bawah aturan pesantren yang adil, menciptakan suasana keadilan sosial yang sangat kental dan harmonis bagi seluruh penghuni asrama. Konflik-konflik kecil yang mungkin timbul akibat perbedaan budaya diselesaikan dengan cara bermusyawarah di bawah bimbingan kiai, memberikan pelajaran berharga tentang seni resolusi konflik secara damai dan bermartabat. Pengalaman hidup kolektif ini menjauhkan santri dari sikap sektarian atau ekstrem, menjadikan mereka pribadi yang memiliki pandangan luas dan mudah menerima keberadaan orang lain yang berbeda latar belakang dengan mereka dalam kehidupan bermasyarakat yang lebih kompleks dan dinamis nantinya.
Selain persaudaraan antar santri, nilai toleransi juga diajarkan melalui kurikulum yang membahas berbagai madzhab hukum Islam dengan pendekatan yang objektif dan sangat menghargai perbedaan ijtihad para ulama terdahulu. Dengan memanfaatkan program Membina Toleransi dan Persaudaraan, pesantren mendidik santri agar tidak mudah menyalahkan atau menyesatkan orang lain yang memiliki cara ibadah yang berbeda selama masih berada dalam koridor ajaran Islam yang benar. Pemahaman keagamaan yang moderat (wasathiyah) ini menjadi benteng pertahanan bagi bangsa Indonesia dari pengaruh paham-paham radikal yang mencoba memecah belah persatuan umat melalui narasi kebencian yang merusak tatanan sosial kemasyarakatan. Santri diajarkan bahwa kekuatan Islam terletak pada persatuan dan kasih sayang, bukan pada permusuhan atau kesombongan golongan yang merasa paling benar sendiri tanpa memperhatikan hak-hak orang lain yang juga sedang mencari kebenaran dengan penuh ketulusan.