Di tengah padatnya jadwal pengajian kitab kuning, pesantren juga mewajibkan olah fisik bagi para penghuninya, terutama melalui penguasaan bela diri tradisional yang telah menjadi warisan budaya Nusantara sejak masa perjuangan kemerdekaan. Pencak silat di pesantren bukan sekadar ajang adu fisik untuk mencari kemenangan, melainkan sebuah disiplin mental untuk membentuk keberanian, ketangguhan, dan kepercayaan diri santri dalam menghadapi ancaman. Seni bela diri ini sering kali dipadukan dengan latihan pernapasan dan olah batin, sehingga kekuatan fisik yang dihasilkan selalu terkontrol oleh kedewasaan jiwa dan kematangan emosional. Santri diajarkan bahwa ilmu bela diri hanya boleh digunakan untuk membela kebenaran, menolong yang lemah, dan menjaga kehormatan agama serta bangsa, bukan untuk bertindak sombong atau melakukan penindasan kepada sesama manusia.
Setiap gerakan dalam silat mengandung filosofi mendalam tentang keselarasan antara gerak tubuh dengan irama alam semesta yang diciptakan oleh Tuhan Yang Maha Esa. Dalam berlatih bela diri, santri dituntut untuk memiliki fokus yang tajam dan ketelitian dalam membaca gerakan lawan, yang secara tidak langsung mengasah insting dan kecerdasan kinetik mereka. Latihan yang dilakukan di lapangan terbuka setelah waktu ashar atau malam hari menciptakan suasana persaudaraan yang erat antar sesama pesilat di asrama. Mereka saling membantu dalam menguasai jurus-jurus yang sulit dan belajar tentang arti sportivitas dalam setiap sesi latih tanding yang diawasi oleh instruktur ahli. Ketangguhan fisik yang diperoleh dari latihan rutin ini sangat mendukung stamina santri agar tetap bugar dalam mengikuti pengajian yang berlangsung hingga larut malam tanpa merasa kelelahan yang berlebihan.
Sejarah mencatat bahwa banyak pahlawan bangsa yang lahir dari rahim pesantren memiliki kemampuan tempur yang luar biasa berkat latihan fisik yang disiplin sejak usia dini di pondok. Menguasai bela diri adalah bentuk kesiapsiagaan santri dalam menjaga kedaulatan negara dari berbagai bentuk gangguan yang mungkin muncul di masa depan yang penuh dengan ketidakpastian. Selain itu, silat juga berfungsi sebagai sarana untuk melestarikan identitas budaya bangsa di tengah gempuran tren olahraga modern dari luar negeri yang sering kali kehilangan nilai-nilai spiritualitasnya. Di pesantren, setiap sesi latihan selalu dimulai dan diakhiri dengan doa, yang mengingatkan santri bahwa kekuatan sejati hanya datang dari Allah. Keseimbangan antara kekuatan otot dan kebersihan hati inilah yang menjadikan pesilat dari kalangan santri memiliki wibawa yang khas dan dihormati oleh banyak pihak di lingkungan sosial.
Selain manfaat pertahanan diri, seni tradisional ini juga memberikan dampak positif bagi kesehatan jantung, kelenturan sendi, dan koordinasi saraf motorik para remaja di masa pertumbuhan. Fokus pada disiplin bela diri membantu santri untuk menyalurkan energi berlebih mereka ke arah kegiatan yang positif dan produktif, sehingga terhindar dari perilaku negatif seperti perundungan atau perkelahian tanpa tujuan. Mereka diajarkan untuk memiliki kontrol diri yang sangat ketat; semakin tinggi ilmu silat seseorang, maka seharusnya ia semakin rendah hati dan semakin sulit untuk diprovokasi oleh kemarahan sesaat. Karakter “pendekar” yang santun namun tegas dalam memegang prinsip adalah tujuan akhir dari kurikulum non-formal ini di pesantren. Inilah yang membuat alumni pesantren dikenal memiliki mentalitas yang kuat dan tidak mudah menyerah saat menghadapi rintangan hidup yang berat di kemudian hari.